تأسست جامعة مرسين بموجب القانون رقم 3837 الذي أقرّته الجمعية الوطنية الكبرى التركية في 3 تموز/يوليو 1992، وباشرت عملها في 10 تشرين الثاني/نوفمبر 1992.
وقد أكملت جامعتنا عامها الحادي والثلاثين في العام الدراسي 2023-2024، وخرّجت أولى دفعاتها في حزيران/يونيو 1997.
في العام الدراسي 1993-1994، بدأت جامعة مرسين التدريس بقبول طلاب في كلية العلوم والآداب وكلية الفنون الجميلة وكلية العلوم الاقتصادية والإدارية وكلية الهندسة والمدرسة العليا لإدارة السياحة والفنادق ومدرسة مرسين المهنية العليا ومدرسة غُلنار المهنية العليا ومدرسة موت المهنية العليا ومعهدي العلوم الاجتماعية والعلوم الطبيعية.
باشرت كلية مصايد الأسماك عملها في العام الدراسي 1995-1996، وكلية الطب في العام الدراسي 1998-1999. وفي 15 آذار/مارس 1999 افتُتح مركز البحث والتطبيق (المستشفى) التابع لكلية الطب.
بإضافة كلية التربية وكلية العمارة عام 1999، وكلية الصيدلة عام 2000، وكلية طرسوس للتعليم التقني وكلية الإعلام عام 2001، رفعت الجامعة عدد كلياتها إلى 11. وبعد سلسلة من عمليات الإغلاق والنقل والتأسيس — ومنها كلية التكنولوجيا (2009)، وكلية السياحة (2011)، وكلية الدراسات البحرية (2012)، وكليتا طب الأسنان وعلوم الطيران والفضاء (2015)، وكلية العلوم الإسلامية (2016)، وكلية التمريض (2017)، وكلية علوم الرياضة (2019)، فضلًا عن نقل كليتين إلى جامعة طرسوس المؤسَّسة عام 2018 — أصبح عدد الكليات الحالي 19.
كليات جامعة مرسين هي: Denizcilik Fakültesi، Diş Hekimliği Fakültesi، Eczacılık Fakültesi، Eğitim Fakültesi، Fen Fakültesi، Güzel Sanatlar Fakültesi، Hemşirelik Fakültesi، İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi، İlahiyat Fakültesi، İletişim Fakültesi، İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi، Mimarlık Fakültesi، Mühendislik Fakültesi، Müzik ve Sahne Sanatları Fakültesi، Sağlık Bilimleri Fakültesi، Spor Bilimleri Fakültesi، Su Ürünleri Fakültesi، Tıp Fakültesi، وTurizm Fakültesi.
يبلغ عدد المدارس العليا (Yüksekokul) حاليًا 4: Anamur Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu، وErdemli Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu، وSilifke Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu، وYabancı Diller Yüksekokulu.
بدأت الجامعة بأربع مدارس مهنية عليا عند تأسيسها، ولديها اليوم 10 مدارس مهنية عليا هي: Anamur وAydıncık وDenizcilik وErdemli وGülnar Mustafa Baysan وMut وSilifke وSağlık Hizmetleri وSosyal Bilimler وTeknik Bilimler.
وإضافة إلى معهد العلوم الاجتماعية ومعهد العلوم الطبيعية ومعهد العلوم الصحية، باشر معهد العلوم التربوية ومعهد الفنون الجميلة عملهما في الفصل الربيعي 2010-2011، ليصبح المجموع 5 معاهد تقدّم برامج الماجستير والدكتوراه.
ارتفع عدد مراكز البحث في جامعتنا إلى 40 مركزًا في مجالات متنوعة، يتصدّرها مركز التعليم والبحث وتطبيق التقنيات المتقدمة، ومركز تطبيق وبحث رواد الأعمال الشباب، ومركز تطبيق وبحث العلوم والفنون للشباب، ومركز تطبيق وبحث التعليم المستمر، ومركز المهن.