Mersin Üniversitesi, TBMM'nin 3 Temmuz 1992 tarihinde kabul ettiği 3837 Sayılı Kanun ile kurulmuş, 10 Kasım 1992 tarihinde faaliyete geçmiştir.
2023-2024 eğitim-öğretim yılında otuz birinci yaşını dolduran Üniversitemiz, ilk mezunlarını 1997 yılı Haziran ayında vermiştir.
Mersin Üniversitesi, 1993-1994 eğitim-öğretim yılında Fen-Edebiyat Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, Mersin Meslek Yüksekokulu, Gülnar Meslek Yüksekokulu, Mut Meslek Yüksekokulu ile lisansüstü programlarını yürütecek Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri Enstitüleri'ne öğrenci alarak eğitim-öğretime başlamıştır.
1995-1996 eğitim-öğretim yılında Su Ürünleri Fakültesi, 1998-1999 eğitim-öğretim yılında Tıp Fakültesi faaliyete geçmiştir. 15 Mart 1999 tarihinde de Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Merkezi (Hastanesi) hizmete açılmıştır. Merkez, 2007 tarihinde Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi adını almıştır.
Mersin Üniversitesi mevcut 6 fakültesine, 1999 yılında Eğitim ve Mimarlık Fakültelerini, 2000 yılında Eczacılık Fakültesi'ni, 2001 yılında Tarsus Teknik Eğitim ve İletişim Fakültelerini ekleyerek fakülte sayısını 11'e çıkarmıştır. Tarsus Teknik Eğitim Fakültesi 2009 yılında kapatılarak yerine Teknoloji Fakültesi açılmış; 2011 yılında Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu kapatılarak yerine Turizm Fakültesi, 2012 yılında ise Denizcilik Fakültesi kurulmuştur. 2015 yılında Diş Hekimliği ile Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakülteleri, 2016 yılında İslami İlimler Fakültesi, 2017 yılında Hemşirelik Fakültesi kurulmuştur. Tarsus Teknoloji Fakültesi ile Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi 2018 yılında kurulan Tarsus Üniversitesi'ne bağlanmış, 2019 yılında Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu kapatılarak yerine Spor Bilimleri Fakültesi kurulmuş olup güncel fakülte sayısı 19'dur.
Mersin Üniversitesi bünyesindeki fakülteler: Denizcilik Fakültesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Eczacılık Fakültesi, Eğitim Fakültesi, Fen Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Hemşirelik Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, İlahiyat Fakültesi, İletişim Fakültesi, İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi, Mimarlık Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Müzik ve Sahne Sanatları Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Spor Bilimleri Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi, Tıp Fakültesi ve Turizm Fakültesi'dir.
Devlet Konservatuvarı 1994-1995 eğitim-öğretim yılında öğrenci alarak açılmış, 1997-1998 yılında lisans programına başlamıştır. İlerleyen yıllarda Sağlık Yüksekokulu, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, Takı Teknolojisi ve Tasarımı Yüksekokulu, Yabancı Diller Yüksekokulu ile Erdemli, Tarsus, Silifke ve Anamur Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulları kurulmuştur. Çeşitli kapanma ve devirlerin ardından güncel yüksekokul sayısı 4'tür. Bunlar: Anamur Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu, Erdemli Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu, Silifke Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu ve Yabancı Diller Yüksekokulu'dur.
Kuruluşunda 4 meslek yüksekokulu bulunan üniversitemizde bugün itibarıyla 10 meslek yüksekokulu bulunmaktadır. Bunlar; Anamur, Aydıncık, Denizcilik, Erdemli, Gülnar Mustafa Baysan, Mut, Silifke, Sağlık Hizmetleri, Sosyal Bilimler ve Teknik Bilimler Meslek Yüksekokullarıdır.
Üniversitemizde Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsüne ek olarak 2010-2011 eğitim-öğretim yılı bahar yarıyılında Eğitim Bilimleri Enstitüsü ve Güzel Sanatlar Enstitüsü faaliyete geçerek toplamda 5 enstitü ile lisansüstü ve doktora düzeyinde eğitime devam etmektedir.
Üniversitemizde araştırma merkezi sayısı 40'a yükselmiştir. Bunlar; Akdeniz Kent Araştırmaları Merkezi, Atatürk İlke ve İnkılap Tarihi Araştırma ve Uygulama Merkezi, Bilgi İşlem Araştırma ve Uygulama Merkezi, Biyoteknolojik Araştırmalar Uygulama ve Araştırma Merkezi, Bölgesel İzleme Uygulama Merkezi, Çocuk Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Çocuk Koruma Uygulama ve Araştırma Merkezi, Deniz Araştırmaları ile Hidrografik Ölçmeler ve İnsansız Deniz-Hava Sistemleri Uygulama ve Araştırma Merkezi, Deniz Kaplumbağaları Uygulama ve Araştırma Merkezi, Dış Ticaret ve Lojistik Uygulama ve Araştırma Merkezi, Diş Hekimliği Uygulama ve Araştırma Merkezi, Egzersiz ve Spor Bilimleri Uygulama ve Araştırma Merkezi, Enerji Teknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi, Genç Girişimci Uygulama ve Araştırma Merkezi, Gençlik Bilim Sanat Uygulama ve Araştırma Merkezi, Gıda Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi, Göç Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi, Görsel-İşitsel Yapımlar Uygulama ve Araştırma Merkezi, İleri Teknoloji Eğitim Araştırma ve Uygulama Merkezi, İlkyardım Araştırma ve Uygulama Merkezi, İş Sağlığı ve Güvenliği Uygulama ve Araştırma Merkezi, Kadın Sorunları Uygulama ve Araştırma Merkezi, Kalibrasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi, Kariyer Merkezi, Kilikia Arkeolojisini Araştırma Merkezi, Kozmetik Temizlik ve Kimyevi Ürünler Üretim Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi, Nevit Kodallı Oda Müziği Uygulama ve Araştırma Merkezi, Nükleer Bilimler Uygulama ve Araştırma Merkezi, Öğrenme ve Öğretmeyi Geliştirme Uygulama ve Araştırma Merkezi, Ölçme ve Değerlendirme Uygulama ve Araştırma Merkezi, Özel Yetenekliler Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Rehberlik ve Psikolojik Danışmanlık Uygulama ve Araştırma Merkezi, Restorasyon ve Koruma Merkezi, Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi, Sürdürülebilir Çevre Uygulama ve Araştırma Merkezi, Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi, Turizm Uygulama ve Araştırma Merkezi, Türkçe Öğretimi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Uzaktan Eğitim Merkezi ve Yörük Kültürü Uygulama ve Araştırma Merkezi'dir.