Die Universität Mersin wurde durch das von der Großen Nationalversammlung der Türkei am 3. Juli 1992 verabschiedete Gesetz Nr. 3837 gegründet und nahm am 10. November 1992 ihren Betrieb auf.
Im akademischen Jahr 2023-2024 vollendete unsere Universität ihr einunddreißigstes Jahr; ihre ersten Absolventinnen und Absolventen verabschiedete sie im Juni 1997.
Im akademischen Jahr 1993-1994 nahm die Universität Mersin den Lehrbetrieb auf, indem sie Studierende an der Fakultät für Geistes- und Naturwissenschaften, der Fakultät für Schöne Künste, der Fakultät für Wirtschafts- und Verwaltungswissenschaften, der Fakultät für Ingenieurwesen, der Hochschule für Tourismus- und Hotelmanagement, der Berufshochschule Mersin, der Berufshochschule Gülnar, der Berufshochschule Mut sowie den Instituten für Sozialwissenschaften und Naturwissenschaften aufnahm.
Die Fakultät für Fischerei nahm im akademischen Jahr 1995-1996 und die Medizinische Fakultät im akademischen Jahr 1998-1999 ihren Betrieb auf. Am 15. März 1999 wurde das Forschungs- und Anwendungszentrum (Klinikum) der Medizinischen Fakultät eröffnet.
Mit der Gründung der Fakultäten für Erziehungswissenschaften und für Architektur (1999), der Fakultät für Pharmazie (2000) sowie der Tarsus-Fakultät für technische Bildung und der Fakultät für Kommunikation (2001) erhöhte die Universität die Zahl ihrer Fakultäten auf 11. Nach weiteren Schließungen, Überführungen und Neugründungen — darunter die Fakultät für Technologie (2009), die Fakultät für Tourismus (2011), die Fakultät für Seefahrt (2012), die Fakultäten für Zahnmedizin sowie für Luft- und Raumfahrtwissenschaften (2015), die Fakultät für Islamische Wissenschaften (2016), die Fakultät für Krankenpflege (2017) und die Fakultät für Sportwissenschaften (2019) sowie der Überführung zweier Fakultäten an die 2018 gegründete Universität Tarsus — beträgt die aktuelle Zahl der Fakultäten 19.
Die Fakultäten der Universität Mersin sind: Denizcilik Fakültesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Eczacılık Fakültesi, Eğitim Fakültesi, Fen Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Hemşirelik Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, İlahiyat Fakültesi, İletişim Fakültesi, İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi, Mimarlık Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Müzik ve Sahne Sanatları Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Spor Bilimleri Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi, Tıp Fakültesi und Turizm Fakültesi.
Die aktuelle Zahl der Hochschulen (Yüksekokul) beträgt 4: Anamur Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu, Erdemli Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu, Silifke Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu und Yabancı Diller Yüksekokulu.
Mit anfänglich 4 Berufshochschulen verfügt die Universität heute über 10 Berufshochschulen: Anamur, Aydıncık, Denizcilik, Erdemli, Gülnar Mustafa Baysan, Mut, Silifke, Sağlık Hizmetleri, Sosyal Bilimler und Teknik Bilimler.
Zusätzlich zum Institut für Sozialwissenschaften, zum Institut für Naturwissenschaften und zum Institut für Gesundheitswissenschaften nahmen im Frühjahrssemester 2010-2011 das Institut für Erziehungswissenschaften und das Institut für Schöne Künste ihren Betrieb auf, sodass insgesamt 5 Institute Master- und Promotionsstudiengänge anbieten.
Die Zahl der Forschungszentren unserer Universität ist auf 40 gestiegen, in vielfältigen Bereichen, allen voran das Zentrum für Bildung, Forschung und Anwendung fortgeschrittener Technologien, das Anwendungs- und Forschungszentrum für junge Unternehmer, das Anwendungs- und Forschungszentrum für Jugend, Wissenschaft und Kunst, das Anwendungs- und Forschungszentrum für Weiterbildung sowie das Karrierezentrum.